Stoff ukończył studia polonistyczne na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu w 1970 r. i rozpoczął pracę naukową na tej uczelni, zaczynając od stażu asystenckiego. W 1977 obronił doktorat, w 1991 uzyskał habilitację. W latach 1980-89 był przewodniczącym Koła Oddziałowego NSZZ „Solidarność” Filologii i Wydawnictw. Od 1994 jest zatrudniony na stanowisku profesora nadzwyczajnego UMK, od 1995 kieruje Zakładem Teorii Literatury. 24 kwietnia 2008 r. Andrzej Stefan Stoff został mianowany profesorem nauk humanistycznych.
Najważniejsze dzieła (książki autorskie):
- Formy wypowiedzi lirycznej (1980)
- Powieści fantastyczno-naukowe Stanisława Lema (1983)
- Formy wypowiedzi dramatycznej (1985)
- Lem i inni. Szkice o polskiej scence-fiction (1990)
- Studia z zakresu teorii literatury i poetyki historycznej (1997)
- Jeszcze o "Trylogii" (2004)
- "Zagłoba sum!" Studium postaci literackiej (2006)
Ponadto prof. A. Stoff jest współautorem i współredaktorem następujących książek naukowych:
- Teoria karnawalizacji. Konteksty i interpretacje (2000)
- Z inspiracji Ingardenowskiej w teorii literatury (2001)
- Z teorii dzieła literackiego (2003)
- Kompozycja dzieła literackiego (2004)
- Polska literatura fantastyczna. Interpretacje (2005)
- Aluzja literacka. Teoria - interpretacja - konteksty (2007)