Esencją przepełniającą Pamiętnik znaleziony w wannie jest tajemnica, organizującą go zasadą — podróż w głąb, walka z wszechobecnym kamuflażem, nieustanne zdzieranie masek, któremu nie ma końca, świat jego bowiem — jak cebula — jest nieskończonym nawarstwieniem łupin, pod którymi nie sposób odnaleźć jądra, czyli ostatecznego Sensu czy Prawdy. Najbardziej to może zagadkowa spośród powieści Lema, może też najbardziej filozoficzna i niepokojąca.

Kamuflaż znajdziemy już we wstępie, proponującym lekturę niejako „historyczno-polityczną”, każącym czytelnikowi wierzyć, że oto autor rozprawia się w książce z amerykańskim militaryzmem, drwi z wyrodniejącej w otorbieniu potęgi jakiegoś przyszłego „Trzeciego Pentagonu”, który — odcięty od reszty świata — wyładowuje swą zamierającą energię w walce z fantomem wroga. „Paranoja jako ostatnie stadium militaryzmu” — taka miałaby być sentencja streszczająca ową — satyryczną jakoby — powieść. Tak zapewne miał czytać Pamiętnik cenzor z 1960 roku, nie zauważywszy, że w zakończeniu wstępu autor przekreśla go jakby, wyjawiając, iż „pierwszych jedenaście stron mają Gnostorowie Hyberiadzcy za apokryf lat późniejszych”. Tyle stron właśnie liczy sobie wstęp, poza którym nazwa Pentagon już się nie pojawia. Lem nie miał może specjalnych powodów, aby maskować tę skomplikowaną i trudną powieść przed cenzurą, ale i tego chwytu — w świecie totalnego kamuflażu — nie potrafił sobie odmówić.

Tytuł książki w oczywisty sposób odsyła do klasycznego dzieła Jana Potockiego, tajemnica jednak, w jakiej grzęźnie Alfons van Worden, z czego innego jest zrobiona, podobnie jak jego labirynt z innej materii został utkany. Bohaterowie Pamiętnika znalezionego w Saragossie niestrudzenie opowiadają historie swego życia — i owe historie oraz ich ezoteryczne wykładnie wypiętrzają się w gmach, po którym błądzi w poszukiwaniu sensu nieszczęsny Alfons. Ku chwale oświeceniowego Rozumu, sens ów odnajduje się jednak jakoś na końcu powieści. Bohaterowie Lema nie mają przeszłości, ich historie są więc „płytkie”, nie sięgają w dalszą przeszłość ani w związki rodzinne, bo i rodziny żaden z bohaterów nie ma — ani rodzinnego domu, czy nawet symbolicznego pokoiku, który mógłby uznać za własny i który zapewniałby mu intymność. Jedyną namiastką takiego miejsca jest łazienka — pomieszczenie odpychająco zimne, bezosobowe, „techniczne” i z zasady ogólnie dostępne, jeśli tylko zaniedbamy przekręcenia klucza w zamku.

W powieści Lema istnieje więc jedynie „przestrzeń służbowa” i „służbowy czas”, bo nawet godziny snu w niewygodnej wannie uznać można za wydarte nielegalnie z czasu poświęconego Misji. W istocie więc sprawa Misji jest czymś, czego w Pamiętniku Lema nie da się ominąć — tak samo jak jego świat nie może być wymieniony na żaden inny — wypełnia on swą nieprzychylną bohaterowi rzeczywistością niejako cały dostępny kosmos.

Bezimienny bohater powieści skazany jest więc na poszukiwanie sensu swej Misji — tożsamego z sensem życia, bo niczego poza Misją nie posiada, a także: sensu i struktury świata, w który został wrzucony niczym człowiek egzystencjalistów. Trudno zatem w czasoprzestrzeni Pamiętnika dopatrywać się obrazu realności — może przez to szczególnie, co zostało w niej „zakryte”, nie dopuszczone do głosu, wyłączone z powieściowej akcji. To właśnie dzięki temu redukcjonistycznemu charakterowi świata w Pamiętniku rozpoznajemy w nim wielką metaforę. Rozpoznać metaforę, a przeniknąć jej sens to jednak dwie najzupełniej różne sprawy.

Aby rozpoznać sens świata-metafory, przyjrzyjmy się, jak sobie z nim nasz bohater poczyna. Zjawia się w Gmachu, oczekując instrukcji, która określi zadanie, jakie powinien wykonać, i nada przez to sens jego poczynaniom. Gmach jednakowoż wytrwale odmawia mu tej instrukcji, co sprawia, że bohater coraz bardziej niecierpliwie będzie się jej domagał. W zamian otrzyma jedynie pouczenie, by niczego, co go spotyka, nie traktował „literalnie”, wszystko bowiem, co się w Gmachu dzieje, posiada sens ukryty. Bohater próbuje więc nauczyć się „lektury ezoterycznej” znaków dostarczanych przez Gmach, prędko jednak odkrywa, że owa lektura nie ma nigdy końca, tzn. każde odczytanie sensów ukrytych jest nowym szyfrem i znów wymaga procedur dekodowania. Gmach staje się w ten sposób domeną semantycznego szaleństwa, a Misja to nic innego, jak opis bezradnych poczynań bohatera — czyli po prostu jego „życiorys”. Bohater próbuje dotrzeć do Centrum Gmachu, odebrać wskazania od Głównodowodzącego, ale ten ostatni jest sklerotycznym staruszkiem, który nad niczym nie panuje i niczym w samej rzeczy nie kieruje. Decyzyjność rozproszona jest w Gmachu w sposób, który uniemożliwia odsłonięcie jakiejkolwiek hierarchii zadań i zwierzchniego zamysłu, który nimi kieruje, choć niby każda z postaci powołuje się tam na jakieś instrukcje i reguły gry. Nie wiadomo jednak nigdy, jakie jest ich rzeczywiste pochodzenie i stojąca za nimi intencja. Bohaterowi pozostaje więc zanurzyć się w siebie samego, zdać się na popędy, intuicje, spontaniczność, ale i to zawodzi jako źródło sensu, a raczej — wiedzie ku śmierci jako jedynej rzeczy niewątpliwej — choć i ta trąci kamuflażem i niejasną semantyką. Nawet więc szkielet — jako „sedno ciała” — odsłonięty rozpoczyna własną (nieczystą) grę.